أُنشئ المجلس العلمي بالجامعة في العام الدراسي ١٤٣١/١٤٣٠ هـ بقرار مجلس الجامعة في جلسته الأولي المنعقدة بتاريخ ١٤٣١/٢/٢٩ هـ، الموافق ٢٠١٠/٢/١٣ م وذلك إيمانا من الجامعة بالدور المهم والحيوي الذي يقوم به المجلس في الإشراف على الشؤون العلمية لأعضاء هيئة التدريس، وشؤون البحوث والدراسات العليا والنشر العلمي والقضايا العلمية الأخرى التي وردت مفصلة في نظام مجلس التعليم العالي ولوائحه.

ويمكن تلخيص المهام الرئيسية للمجلس العلمي في البت والتوصية في قرارات التعيين والترقيات لأعضاء هيئة التدريس، والنشر العلمي، والتفرغ العلمي، وحضور الدورات العلمية، والاستعانة بالأساتذة غير المتفرغين، وغيرها من القضايا ذات الصلة. ويتألف المجلس العلمي من أعضاء يمثلون كليات الجامعة المختلفة بدرجة أستاذ مشارك علي الأقل وفق ما نصت عليه المادة (٢٩) من نظام مجلس التعليم العالي والجامعات، ويرأس المجلس وكيل الجامعة للدراسات العليا والبحث العلمي. ويجوز بقرار من مجلس الجامعة أن ينضم إلى عضوية المجلس عدد آخر من الأعضاء من المشتغلين بالبحث العلمي والقضايا العلمية على ألا يتجاوز عددهم نصف مجموع الأعضاء، ويعين جميع الأعضاء لمدة سنتين قابلة للتجديد مرة واحدة. وللمجلس الاستعانة بلجان دائمة أو مؤقتة من بين أعضائه أو من غيرهم لدراسة ما يكلفهم به. 

تتلخص طبيعة أعمال المجلس في استقبال الموضوعات المنوطة به نظاماً من كليات الجامعة أو العمادات والوحدات الأخرى داخل وخارج الجامعة، ومن ثم تحال إلى اللجان الدائمة بالمجلس لدراستها والرفع بتوصيتها للعرض على المجلس العلمي.